Siempre que se crea un software nuevo de código abierto, es bueno revisar que otros software existen de similares objetivos, para ver que nuevas características se les puede ofrecer a los usuarios. Por lo tanto, hago una breve reseña de las búsquedas en Google para Php beautifier, específicamente de aquellas funciones que podrían ser implementadas en PHP_Beautifier. Que conste que el nuestro está en segundo lugar :P

• Polystyle's PHP beautifier. Ex-Trita. Disponible versión de prueba que permite sólo hacer copy-paste desde la ventana de prevista; licencia unipersonal cuesta 45 dólares.
• Aprendizaje de reglas a través de código ejemplo: Esto es complejo y no sé si valdrá la pena, de todos modos. La gracia de nuestro paquetito es que no se deja lugar a dudas sobre las reglas del reformateo. En estos programas que 'aprenden' es díficil saber exactamente que entendió el programa y cuales son las reglas exactas que utilizará
• Indentación de braces, incluso con insertos HTML y mantención de los espacios alrededor de los tag PHP: he trabajado en ello y la versión 0.0.7 cuenta con esta característica. El truco está en ocupar en mantener el tipo de espacio en blanco posterior para T_OPEN_TAG y previo para T_CLOSE_TAG (al castellano, para <?php y ?>). Lo de mantener la indentación es fácil.
• Alineación de comentarios a lo C++ : Interesante. Esto es un poco más difícil de conseguir, ya que tengo que hacer que el sistema 'recuerde' cual fue el espacio utilizado por las expresiones anteriores y debe reconocer un bloque significativo de comentarios, o sea, dos o más líneas de comentarios // sin interrupción
• Alineación de parámetros en funciones: Problema similar, aunque más fácil, ya que no tengo el problema de la identificación de 'bloque significativo' para los comentarios
• X-project:PHP Code Beautifier: Herramienta disponible sólo a través de la página
  • Agrega líneas faltantes e indenta los braces. Trata de adecuar el código a la especificación PEAR.
  • Fallas: no procesa las estructuras 'a la Pascal' (if: endif) y no se lleva bien con el código PHP inserto en HTML
• Semdesigns: PHP Formatter: Licencia $50 dólares y sólo disponible para Windows NT y derivados.
• Opción para insertar líneas en blanco tras operadores lógicos (and, or...): Interesante y no complejo. Posiblemente lo incluya dentro de un filtro
• Opción para insertar líneas en blanco tras concatenador de cadenas ("."): Idem.
• Opción para formatear HTML dentro del PHP: Debería ocupar una herramienta externa, como tidy, más aún ahora que está integrado dentro de PHP 5
• Opción para ofuscar el código: No creo que sea el objetivo del paquete y existen aplicaciones de código abierto de larga data que hacen el trabajo, como POBS.
• phpCodeBeautifier: Una de las herramientas de PHPEdit. Viene en versión de línea de comando, como GUI indenpendiente (cuando saldra el GTK2 para PHP5?!) y como herramienta integrada de PHPEdit (doutch!). Es gratuita, aunque no Código Abierto
• Espacios antes-después de estructuras de control y de braces: No muy relevante, aunque posible de incorporar en un filtro de 'simulación' de Phpedit.
• Sin-con padding extra para estructuras switch: Idem. Yo prefiero la forma que tiene actualmente PHP_Beautifier (muy cercana a la PEAR), aunque también posible de emular en el filtro.
• Forzar tags cortos en largos: por defecto incluido en el filtro 'Pear', aunque se podría hacer un filtro específico para eso
• Forzar true y false a mayúsculas: Lo mismo.
• Alinear los signos '=' en asignaciones: Esto si que me gusta. Tiene la misma dificultad que la alineación de comentarios cortos, si no un tanto más.
• Estilo de comentario largo a la Pear-PhpDoc: Easy. Cosa de cambiar un par de rutinas en PEAR (tengo que revisar realmente si es así) y de colocar el otro método en el filtro especial.
• Pretty Printer for PHP, Java, C++, C, Perl, JavaScript: Herramienta en línea para formatear los tipos de código antes nombrados. Nada espectacular
• Dreamweaver 2004:Por ahí leí que permite identar automáticamente, pero no me consta... por favor, revisar

Después de la revisión, pareciera ser que las dos adiciones más importantes sería un filtro de selección para espacios antes-después de determinadas estructuras y un alineados de comentarios y asignaciones. Lo mismo podría hacerse extensible para los tag internos de PHPdoc, o sea, hacer por ejemplo que las variables de @param y de @return estén también alineadas.
Si alguna de estas opciones les parece interesante o tienen otra nueva, por favor, comenten!