Este consejo lo encontré en el boletín de Gentoo del 17 de Octubre.
La optimización sugerida permite optimizar la búsqueda de archivos en directorios grandes, agregando la opción dir_index a la partición.
Primero, se debe desmontar la partición o iniciar con el livecd.
Segundo, se debe utilizar tune2fs -l /dev/hdXX | grep dir_index para verificar que no se encuentre la opción.
Tercero, activamos la opción con tune2fs -O dir_index /dev/hdXX y , para que haga efecto la optimización, utilizamos e2fsck -D /dev/hdXX
Eso sería todo. Aún no pruebo en cuanto acelera el proceso, pero por lo menos lo pude activar sin mayores problemas.